Léčba mimoděložního těhotenství je v drtivé většině případů chirurgická. Nejčastěji se provádí laparoskopie, během níž je embryo odstraněno. U složitých případů je potřeba provést otevřenou operaci, tedy provádí se laparotomie. U mimoděložních těhotenství na vejcovodu (tzv. tubární těhotenství) může dojít k odstranění příslušného vejcovodu (tzv. salpingektomie), a to z důvodu jeho devastace hnízdícím embryem. Lékaři toto řešení upřednostňují před salpingotomií - zde je vejcovod pouze naříznut a embryo je odsáto. Vejcovod je ponechán k samovolnému zhojení. Salpingotomie s sebou přináší riziko zjizvení a neprůchodnosti vejcovodu - a tedy riziko dalšího mimoděložního těhotenství.
Ve vzácných případech se během první laparoskopie embryo nepodaří nalézt (zejména tehdy, je-li laparoskopie prováděna příliš brzy - před 6. týdnem). Pak je těhotná hospitalizována a následující dny se lékaři snaží embryo lokalizovat ultrazvukem. Laparoskopie se pak může opakovat.
Někdy se společně s laparoskopií provádí i kyretáž, a to proto, aby měli lékaři jistotu, že v dutině děložní nezůstalo neprospívající embryo (špatně uhnízděné embryo, které je předzvěstí špatně prosperujícího těhotenství, produkuje nízké hCG stejně jako mimoděložní těhotenství).
Zejména v USA se mimoděložní těhotenství, které je mladší 7 týdnů, řeší podáním cytostatik – konkrétně metotrexátu, a to buď nitrožilně, do svalu, anebo přímou aplikací do embrya (aplikace se provádí pod ultrazvukovou anebo laparoskopickou kontrolou). Metotrexát, běžně užívaný při léčbě zhoubného bujení, má za cíl zahubit rostoucí embryo. V České republice se metotrexát používá téměř výhradně při cervikální graviditě – chirurgické řešení by zde pro těhotnou znamenalo podstatné snížení možnosti znovu otěhotnět, anebo rovněž u abdominálního těhotenství (těhotenství v břišní dutině), je-li embryo usazeno na místě, které je silně protkáno cévami (slezina, játra apod.). Léčba metotrexátem má velké vedlejší účinky typické pro léčbu cytostatiky. Metotrexát se nepoužívá tehdy, je-li u embrya průkazná srdeční činnost, podává se tedy max. do 7. týdne těhotenství.
